Il gioco inizia con una sequenza in cui le industrie Sarif vengono attaccate da un gruppo di terroristi modificati, e il protagonista, Adam Jensen, viene quasi ucciso. Si salverà grazie agli innesti sviluppati dalle industri Sarif, che lo trasformeranno in una specie di cyborg con dei poteri eccezionali. Da qui inizia l'avventura vera e propria..
